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車輛高度限制4.6公尺。
自109年6月20日起，蘇花改部分路段速限調整至70公里/小時，並設置最低速限50公里/小時。長隧道速限提升為70公里/小時，仁水隧道維持50公里/小時，其他隧道及隧道兩側端點速限為50公里/小時。蘇花改行車速限，考量與舊蘇花公路銜接，速限調整後介於50~60公里/小時，請用路人行經蘇花改路段時，依標誌標線行駛。
隧道內請保持行車安全距離：小型車與前車至少保持50公尺、大型車與前車至少保持100公尺、壅塞或事故時請保持20公尺車距。
開放小型車、大客車通行並施行3~6個月後，公路總局視通車狀況進行評估檢討，交通部核定後，才會開放大貨車通行。
開放非管制大貨車通行，於蘇澳、東澳、南澳、和平、和中及和仁共六處設置地磅站，大貨車進入隧道前一律需至地磅站受檢，違規車輛由驅離車道駛離；合格車輛則依儀控號誌匯入主線，管制大貨車流量及間距。