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自109年6月20日起，蘇花改部分路段速限調整至70公里/小時，並設置最低速限50公里/小時。長隧道速限提升為70公里/小時，仁水隧道維持50公里/小時，其他隧道及隧道兩側端點速限為50公里/小時。蘇花改行車速限，考量與舊蘇花公路銜接，速限調整後介於50~60公里/小時，請用路人行經蘇花改路段時，依標誌標線行駛。為持續提升蘇花改整體車流運行效率，且在符合原設計速率及法規規範下，112年2月18日起蘇花改仁水隧道提高速限至60公里/小時(提速路段155k+340～157k+788)，考量隧道兩端之銜接段受道路線形條件及銜接舊蘇花公路路口等因素，故隧道兩端洞口路段250公尺維持原速限50公里/小時，並設有「前方速限降低」標誌提醒用路人。
限高：車輛高度限制4.6公尺。
隧道內請保持行車安全距離：小型車與前車至少保持50公尺、大型車與前車至少保持100公尺、壅塞或事故時請保持20公尺車距。
開放小型車、大客車通行並施行3~6個月後，公路局視通車狀況進行評估檢討，交通部核定後，才會開放大貨車通行。
開放非管制大貨車通行，於蘇澳、東澳、南澳、和平、和中及和仁共六處設置地磅站，大貨車進入隧道前一律需至地磅站受檢，違規車輛由驅離車道駛離；合格車輛則依儀控號誌匯入主線，管制大貨車流量及間距。